化学合成的多肽抗原是小分子，本身很难具有好的抗原性，只能诱导动物产生很弱的免疫反应，因而与载体蛋白交联是很重要的。载体蛋白含有很多抗原决定基，能够刺激T－帮助细胞，进而诱导 B－细胞反应。用于与多肽偶联的载体蛋白有多种，其中最常用的是keyhole limpet hemacyanin (KLH), 牛血清白蛋白（bovine serum albumin，BSA）, 卵清蛋白（ovalbumin，OVA）和牛甲状腺球蛋白（bovine thyroglobulin，THY)。KLH具有更高的抗原性，是最为常用的多肽偶联载体。BSA也常用来作为多肽载体，但由于BSA经常被用做检测试验的阻断剂而使得该方法生产的抗体在应用上存在着一定的局限性。

　　动物选择:
　　要生成好的抗体，必须选择与抗原源差异较大的动物。要想获得最大的免疫反应，绝对不能让免疫动物对抗原产生‘自体识别’。例如，要想生成抗人体蛋白的抗体，使用兔或老鼠比使用猴子要好。对于非常保守的哺乳动物蛋白，使用鸟类动物（如鸡）效果较好。

　　动物免疫:
　　我们通常使用弗氏佐剂（Freunds）与抗原进行混合。第一次注射完全使用Freunds的免疫辅助剂。辅助剂与抗原联合使用，可以提高免疫反应，从而用较少的疫苗可以产生较强的免疫反应。佐剂可以使抗原缓慢释放，从而产生持续性刺激。注射方式为多位点的皮下注射。每只注射动物都要先收集免疫前血样，以用于和以后的免疫血样比较。所采集的血清样本含有不同的免疫型和亚型。

　　抗体鉴定:
　　检测抗多肽反应是否发生的最简单方法就是抗多肽ELISA。有两种技术可以将多肽链接到ELISA板上。第一种方法就是直接将多肽链接到盘上。但如果链接氨基酸恰好是抗原决定簇的一部分，则抗体无法和多肽进一步链接，这样产生假阴性结果的可能性增加。第二种方法则是先将多肽与载体蛋白偶合，然后将多肽－蛋白偶合体链接到ELISA盘上。这种链接方法会使抗体－多肽的结合成功率提高，因为多肽不是直接嵌入盘膜，因而会更加暴露给抗体。这种方法因而更可靠，可重复性更高。需要注意的是，用于该方法的载体蛋白必须不同于用于免疫偶合的载体蛋白。这样会避免血清中抗载体蛋白反应所导致的高背景反应。