选择合适的荧光标记基团取决于您的实验需求。药理学实验研究基本分为体内研究和体外研究两大类。对于体内研究，一般选择发射波长在650-900nm的荧光基团，例如：ICG和Nile Blue。这是因为这类基团所发出的荧光具有较好的组织穿透能力，受背景干扰较小。对于体外研究，发射波长在400到600nm的荧光基团最为常用，例如：AMC、FITC和TAMRA。
　　
　　活性多肽分子可以被荧光基团标记，应用于荧光成像领域。荧光基团分子具有以下功能：其吸收特定波长能量的光子后，立即在另一较长波长区域释放出具有一定能量的光子。对于荧光基团染色能力和效率，有一系列参考准则。在这些标准中，摩尔消光系数ε和量子效率QY是最重要的两个衡量荧光强度的参数，它们与光子吸收和荧光发射密切相关。